Les 7 enfants de Bowser - Larry, Morton Jr., Wendy O., Iggy, Roy, Lemmy et Ludwig Von Koopa - ont changé en animal les rois des 7 provinces du royaume Champignon et dérobé leur sceptre. Super Mario Bros. 3 met en scène Mario et Luigi devant vaincre chaque descendant de Bowser pour récupérer les sceptres et sauver les souverains. La princesse Champignon et Toad vous aideront également dans votre aventure.
Combattez des monstres et de petits patrons, évitez les fantômes, le soleil brûlant et les boulets de canon et récupérez le sceptre royal.
Super Mario Bros. 3 compte encore plus de zones accessibles par tuyau, offre plus d'occasions d'obtenir des vies supplémentaires et comporte un élément nouveau : des costumes ! Le costume de raton-laveur permet à Mario de voler et briser des blocs de brique. Le costume de grenouille lui permet de nager plus vite que les poissons meurtriers.